Марий Эл расположена на востоке Восточно-Европейской равнины, в среднем течении Волги. Большая часть республики приходится на левобережье Волги. Речная сеть Марий Эл состоит из 19 бассейнов и включает 179 рек с длиной водотока более 10 км. Большинство рек протекает среди лесных массивов и имеют смешанный тип питания (50 % из них — за счёт талых снеговых вод).

Западную часть левобережья занимает болотистая Марийская низменность. На западе республики Волга принимает крупный приток — Ветлугу. Восточнее по низменности протекают левые притоки Волги, берущие начало на южных склонах Вятских увалов: Малая Кокшага с притоками Малый Кундыш и Большая Ошла, Большая Кокшага с притоком Большой Кундыш, Рутка. В их долинах много лесных озёр.

Восточная часть территории расположена в пределах Вятских увалов (высота до 275 м), здесь встречаются карстовые формы рельефа, поверхность расчленена долинами рек и оврагами. Среди них реки бассейна Вятки: Немда с притоками Лаж, Толмань, Шукшан и др., Буй, Уржумка; левый приток Волги Илеть с притоками Шора, Ировка и Юшут.

На правом берегу Волги расположен лишь один из 14 районов республики — Горномарийский, который занимает северную окраину Приволжской возвышенности. Здесь в Волгу впадают притоки Сура, Сумка, Юнга, Малая Юнга, Сундырь.